北京醫學院附屬中學創建于1960年，主校區位于海淀區花園北路40號，毗鄰北京大學醫學部、學院路八大學院等高等學府，目前正在進行重建，臨時校區位于牡丹園東里2號。北醫附中是海淀區一所教育、教學質量較高、社會聲譽良好的完全中學， 2017年9月成為北大附中教育集團總校一員。北醫附中借助北大附中、北京大學、北大醫學部的教育資源，并且結合傳統文化方面的優勢逐步形成了以生化和傳統文化為主的辦學特色。
學校在辦學理念上繼承了北京大學以奉獻社會為己任的擔當精神和北大醫學部嚴謹認真的敬業精神。，“關注人，培養人，成就人，發展人”尊重、適合、和諧、發展”是我校辦學思想的高度概括，是一所滿懷責任心、愛心、具有人文情懷的學校。
在辦學目標上，由于北醫附中坐落于海淀區東部教育核心地區，周邊高等院校、科研單位、成熟社區眾多，我校辦學目標秉承地理位置的優勢和與高等院校、集團學校的聯合，努力成為海淀區東部一所家長滿意、學生向往、引領社區文化發展的學校，培養有愛國情懷、敬業精神的優秀公民。
在辦學優質特色上，2015年5月15日，北大附中正式承辦北醫附中。2017年北大附中教育集團總校成立，北醫附中成為集團校一員。以集團化辦學的力量助推北醫附中的發展，學校充分利用名校的優質教育教學資源，不斷提高學校的整體實力，學校在教育教學等多個方面進行充分的改革，由此學校正式進入發展的快車道。我校將保持北醫原有的傳統文化特色，融合北大附中創新的辦學理念，以及北大醫學部“求醫問學”的精神，最終確立新契機下北京醫學院附屬中學的辦學優質特色項目，即大力開展傳統文化課程以及以醫療為背景的生化特色課程。
學校先后被授予“北京市文明禮儀示范校”、“北京市校園文明示范校”、“海淀區文明單位”、“海淀區科技教育示范學校”、“海淀區課堂德育先進單位”、“海淀區非遺傳承項目基地校”、“海淀區足球實驗學校”等稱號。
